brew linkapps は、/Applications フォルダにシンボリックリンクを貼るコマンドですが、いつの間にか deprecated の Warning がでるようになりました。

$ brew linkapps macvim

Warning: `brew linkapps` has been deprecated and will eventually be removed!

Unfortunately `brew linkapps` cannot behave nicely with e.g. Spotlight using
either aliases or symlinks and Homebrew formulae do not build "proper" `.app`
bundles that can be relocated. Instead, please consider using `brew cask` and
migrate formulae using `.app`s to casks.
Linking: /usr/local/opt/macvim/MacVim.app
Linked 1 app to /Applications

どうやら廃止されて無くなるようです。残念なことに、このコマンドはナイスな動きをしないとのこと。

一旦linkappsを解除します。

$ brew unlinkapps macvim
Warning: `brew unlinkapps` has been deprecated and will eventually be removed!

Unfortunately `brew linkapps` cannot behave nicely with e.g. Spotlight using either aliases or symlinks and Homebrew formulae do not build "proper" `.app` bundles that can be relocated. Instead, please consider using `brew cask` and migrate formulae using `.app`s to casks.
Unlinking: /Applications/MacVim.app
Unlinked 1 app from /Applications

他にも解除したいアプリがあって、まとめて解除したい場合は、brew unlinkapps とだけ打てば良いです。

MacVim は Homebrew でインストールせず、dmg でインストールするとこにしました。
Warningの文章を見る限り、brew cask を使っても良さそうです。
MacVimのdmgファイルは公式サイトからダウンロードできます。

Homebrew でインストールした MacVim はアンインストールしておきます。

$ brew uninstall macvim
Uninstalling /usr/local/Cellar/macvim/8.0-137... (2,142 files, 34.9MB)

以上です。